公元196年，董卓旧部李傕、郭泛势力被灭，曹操迁献帝于许都。故事的起源，将从当时为马腾势力的西凉召德村开始，主角楚歌是一个立志成为天下第一有钱人的贫困少年。
“幻想三国志贰”的故事约在一代十年前左右，除了发展全新的故事，前代为大家所熟悉的主要人物也将一一以新面貌登场；另一方面，构筑一代种种事件的源由及独特的世界观，也将在此代完整呈现。
“幻想三国志贰”横跨的时期将较一代为长，除了历史人物、事件增多以外、剧情丰富度与深度也直达一代的两倍，而三国时期名震天下、受到玩家喜欢的军师猛们将，也将在此代一一展现迷人的风采。
在结局方面，“幻想三国志贰”仍保留了前代的特色——双主线与多结局。随着故事的进行，玩家可依喜好做下不同的决定，来决定属于自己的最终结局。而与前代相异的地方是，此次影响的条件将不再受限于男女感情的选择，主角的价值观与系统的应用也都将是影响分歧的主要因素。
缘起：
上古时期，黄帝蚩尤大战涿鹿，当时，蚩尤得风伯雨师、魍魉魑魅、山精鬼怪之助，黄帝则有风后力牧、应龙女魃、天女之辅。此役风云变色、石破天惊。
在忠臣风后、力牧、大将应龙、与义女女魃的相助下，涿鹿之战，黄帝终于获得了最后的胜利。然而，在消灭蚩尤势力的同时，黄帝也失去了忠臣风后与挚爱凤曦，而大将应龙与义女女魃，也因双双感染了人间浊气而从此消失天界…
时光流转，为了一偿未了的心愿，黄帝决心投身地界。在转生之前，他来到天界的花园悬圃，为应龙与女魃做了一件事…
故事背景：
东汉末年，乱象纷起，汉室存亡生死一线。莲无神树下，云空和道天两仙，以汉朝兴衰、天道之向为赌注，继续两人未完的棋局…
荧惑守心、天象异变，一个关于三龙宝器的传说迅速在朝野传开；当年承天命而来，协助黄帝打败蚩尤的神兽应龙，战后因感染邪气而堕入人间，临死前其指爪化为青龙剑、眼化为赤龙珠、心则化为历代传承的玉龙玺…在此乱世中，传说只要能拥有其中一样，便能雄霸一方成为王者，若三者龙气合一，则天下尽得、心愿尽遂、并可拥有扭转天道之能力…
公元196年，西凉召德村。楚歌与好友韩靖、心仪之人沈嫣，他们如同一般少年少女，对未来有着美好的憧憬，并一心期待着前往京城发展、为此乱世尽一份心力。然而，一场意外却让他们遭遇了生离死别的命运…
关于悬圃～
传说中央天帝黄帝，在昆仑山东北的槐江山顶，有一个美丽的花园“悬圃”。黄帝令槐江山神英招看守此处，自己则经常来此沉思并凝望着地界。
悬圃里面充满着许多不可思议的生物，并蕴含许多与天地同生、意义重大的神树，而悬圃北端连接东方天地的，是一棵赋予诸神最初神性的“莲无神树”。
为偿一段未了的心愿，黄帝决定投身地界。在转生前，黄帝将肉体沈睡于悬圃之下，希望藉由自己的躯体和悬圃的一切，继续支撑着中央原有的秩序与大地。
黄帝转生后，虽已为凡身，但透过梦境，神魂仍能与悬圃相通。而在悬圃看守的英招，则尽忠职守的守护悬圃，日复一日。
而在游戏中，悬圃的开发及运用，完全开放给玩家自由的操作及决策，想获得价值连城的宝物、罕世稀有的神兵，而或是扭转命运的安排，就全看玩家如何动脑筋培养及运用了。
主要角色介绍：
楚歌
因祸避居西凉召德村。昏迷三载，方自醒转，记忆全失。个性放荡不羁、圆滑乐观，立志成为天下第一有钱人。
沈嫣
马超义妹，马腾副将沈侯之女。出身富贵、娇俏可人，自小便对英雄怀满憧憬，一心嫁给万夫莫敌的英雄将军。
韩靖
徐州被屠之时，跟随叔父迁至西凉。聪敏好学、温文谦恭。欲以胸中甲兵平治天下，改变乱世。
马超
西凉太守马腾之子，后为五虎将之一。英勇过人、豪爽自负。一身武艺冠绝西凉、为西凉人人闻之敬畏的第一剽悍猛将。
姬风
原为天若宫人人敬仰的首席剑师，却喜浪迹江湖，结交各路英雄。为人雅俊侠气，才思敏捷、举凡仙术、韬略皆能过目不忘。
《幻想三国志贰》的剧情时间点，大约在一代的十年之前，也就是公元一九六年，剧中不乏许多大家非常熟悉的经典战役，例如官渡之战，百人对峙的场面，将可以在二代中得以实现。
在大型或多人的战役中，为了能容纳下为数众多的部队，画面镜头的选用将比一般的战斗更远，战场的气势也将更为壮观，尤其在实时制的战斗中，画面中的部队全数同时进行攻防，那种混战的爽快感，将是您前所未有的全新体验。
